Niektóre ze znanych nam ptaków migrujących są zagrożone. Na przykład dziś dzieci mają mniejszą szansę na usłyszenie kukułki niż mieli ich rodzice, i znacznie mniejszą niż ich dziadkowie.
Jest wiele powodów, dla których niektóre gatunki ptaków stają się rzadsze.
Zmiany klimatu powodują, że zimy są cieplejsze, a wiosna przychodzi wcześniej. Zanim migrujące ptaki powrócą na swoje miejsca lęgowe, pierwszy gwałtowny rozwój młodych liści oraz żerujących na nich gąsienic może już minąć, a co za tym idzie dostępność pokarmu dla ptaków i ich piskląt w gniazdach będzie mniejsza.
Zmiany klimatu powodują także poważne susze w Afryce, przez co pustynia, nad którą ptaki muszą migrować, staje się większa z roku na rok.
Wiele ptaków migrujących to ptaki krajobrazu rolniczego, które żyją wśród ludzi od setek, a nawet tysięcy lat. Jednak rolnictwo w ciągu ostatnich 50 lat bardzo się zmieniło. Większość rolników opryskuje swoje uprawy środkami przeciw owadom i chwastom. Coraz mniej jest też niezagospodarowanych terenów, gdzie ptaki mogłyby znaleźć owady i nasiona dzikich traw i bylin do jedzenia, mniej też krzewów, starych drzew i starych budynków, w których mogłyby gniazdować.
Nasze miasta stają się coraz większe, pozostawiają coraz mniej przestrzeni dla ptaków na żerowanie i odpoczywanie. Wysokie budynki, drogi, tory kolejowe, linie energetyczne, elektrownie wiatrowe oraz maszty przesyłowe, od których zależy nasza cywilizacja, mogą stanowić dla ptaków poważne bariery, a jeśli budowane są w niewłaściwych miejscach, mogą powodować śmierć tysięcy ptaków rocznie.
Około pół miliarda (500 milionów) ptaków co roku ginie zastrzelonych lub złapanych w różnego typu pułapki w czasie migracji przez region Morza Śródziemnego. Wiele z tych ptaków należy do gatunków zagrożonych. Takie polowania często są niezgodne z lokalnym prawem i niezgodne z międzynarodowymi umowami chroniącymi ptaki, ale myśliwi często uważają, że mają prawo zabijać ptaki, gdyż jest to ich miejscowa tradycja.
