Bociany spędzają zimę na południu. Mogą tam znaleźć pożywienie, którego brakuje zimą w miejscach ich gniazdowania. Część bocianów z Europy Zachodniej, spędza zimę na południu Hiszpanii, podczas gdy inne lecą dalej na południe, do Afryki. Poszukując miejsc do zimowania, mogą przelecieć nawet 12 000 km! Bociany podróżują tylko w ciągu dnia. Aby pokonać długie dystanse, bociany szybują na wznoszących prądach ciepłego powietrza. Takie prądy są silniejsze nad lądem, dlatego bociany unikają przelatywania nad morzami. Bociany przelatujące nad Europa Zachodnią, omijają Morze Śródziemne i wybierają trasę nad Gibraltarem, natomiast bociany przemierzające Europę Wschodnią, przelatują nad Cieśniną Bosforu. Cieśniny te, są bardzo wąskie, dlatego bociany nie mają dużego wyboru i muszą wybrać jedną określoną trasę przelotu. To powoduje, że na jesieni można zaobserwować ogromne grupy migrujących bocianów pojawiające się w jednym miejscu (patrz zdjęcie). Można wtedy spotkać stada liczące nawet do 10 000 ptaków w jednym miejscu i w tym samym czasie.
Kiedy bociany dolecą do Afryki, ich podróż staje się dużo łatwiejsza - nad lądem jest dużo ciepłych, wznoszących się prądów powietrza. Ptaki mogą wtedy szybować z prędkością 45 km/h, na wysokości 1000 - 2500 metrów.
Ciepłe prądy powietrza są niewidoczne. Kiedy bocian natknie się w czasie lotu na taki prąd, jest wypychany siłą gorącego powietrza do góry. Kiedy ptak osiągnie maksymalną wysokość, na jaką wznosi się prąd powietrza, zaczyna się łagodnie ,,ześlizgiwać'' po krawędzi prądu i w ten sposób może przelecieć ogromne dystanse bez dużego wysiłku.
Ptakom dużo łatwiej jest migrować w dużych grupach. Kiedy jeden z bocianów znajdzie ciepły prąd powietrza, inne podążają jego śladem i wykorzystują do podróżowania ten sam prąd. Im więcej ptaków podróżuje razem, tym większa szansa, że któryś z nich znajdzie dobry prąd, co z kolei przyspieszy podróż wszystkich ptaków. Jeżeli warunki do szybowania są właściwe, bociany pokonują 500 km w ciągu jednego dnia. Cała podróż (od 2000 do 10 500 kilometrów) zajmuje im około czterech tygodni. Młode bociany wylatują tydzień lub dwa tygodnie wcześniej niż ich rodzice.
Migracja wiosną zajmuje nieco więcej czasu. Ptaki pokonują dziennie krótsze dystanse, ponieważ warunki pogodowe są dużo gorsze. W Europie pojawiają się ponownie między styczniem a kwietniem.
