Osa kattohaikaroista viettää talven Etelä-Espanjassa, jotkut niistä matkaavat vielä etelämmäksi Keski-Afrikkaan. Ne saattavat tehdä jopa 12 000 kilometrin pituisen muuttomatkan.
Kattohaikarat muuttavat vain päiväsaikaan. Lentäessään pitkiä matkoja ne liitelevät. Tämän vuoksi ne eivät ylitä merialueita, sillä niiden tarvitsemia nousevia ilmavirtauksia eli termiikkejä on useammin maa-alueiden kuin meren yllä. Siksi ne myös välttävät Välimeren ylittämistä ja käyttävät lännessä Gibraltarin yli vievää reittiä ja idässä Bosporin salmen yli vievää reittiä. Näillä pienillä meren ympäröimillä alueilla on suuret kerääntymät lentäviä lintuja syksyisin. Yhdellä kertaa saattaa nähdä jopa 10 000 linnun parvia.
Saavutettuaan Afrikan kattohaikaroiden lento käy helpommaksi, koska mantereen yllä on enemmän termiikkejä. Ne lentävät 1000 – 2500 metrin korkeudessa 45 km/h.
Nousevat ilmavirtaukset ovat näkymättömiä – ne ovat itse asiassa vain lämmintä ilmaa. Kun kattohaikara lentää ilmavirtaukseen, kohoava virtaus nostaa sen korkealle. Kun kattohaikara jättää ilmavirtauksen sen huipulla, se voi liidellä useita kilometrejä eteenpäin ja etsiä uuden termiikin.
Lintujen on helpompaa muuttaa suurissa parvissa. Yhden linnun löydettyä termiikin, seuraavat muut sitä ja aloittavat liitelyn. Mitä enemmän lintuja matkaa yhdessä, sitä helpompaa niiden on löytää uusia termiikkejä – tämän vuoksi suuret parvet muuttavat nopeammin kuin yksi lintu.
Kattohaikarat voivat matkata jopa 500 kilometriä päivässä, jos olosuhteet liitelylle ovat suotuisat. Neljässä viikossa ne matkaavat kaikkiaan 2000 – 10 500 kilometriä. Nuoret kattohaikarat jättävät pesänsä muuttomatkalle lähteäkseen 1-2 viikkoa ennen vanhempiaan. Kevätmuutto tapahtuu pitkän ajan kuluessa, koska sää on huonompi ja linnut voivat edetä lyhyempiä välimatkoja kerrallaan. Ne palaavat pesimäpaikoilleen tammikuusta alkaen aina huhtikuuhun asti.
