Weil der Weissstorch Schwierigkeiten hat, im Winter in Europa geeignete Nahrung wie Frösche, Mäuse etc. zu finden, zieht er im Winter in den Süden. Einige Störche überwintern in Südspanien, andere fliegen bis nach Zentralafrika und legen dabei tausende von Kilometern zurück. Einige wenige Vögel bleiben jedoch auch im Winter bei uns.
Störche ziehen nur tagsüber und versuchen dabei, einen möglichst grossen Teil der Strecke im Gleitflug zurückzulegen. Deshalb sind sie auf gute Thermik, also auf warme Aufwinde, angewiesen, und ziehen deshalb hauptsächlich über Land. Um möglichst wenig über Wasser fliegen zu müssen, überqueren sie meist die Meerenge bei Gibraltar im Westen oder den Bosporus im Osten des Mittelmeeres. Hier findet man deshalb oft grosse Konzentrationen von Weissstörchen, mit Gruppen bis zu 10'000 Vögeln.
Sobald sie den afrikanischen Kontinent erreicht haben, wird die Reise angenehmer, da hier oft starke Aufwinde herrschen. Die Flughöhe des Weissstorchs beträgt 1000 – 2500 m, die Fluggeschwindigkeit rund 45 km/h.
Aufwinde sind unsichtbar, handelt es sich dabei doch lediglich um warme Luftströme. Störche können sich in einem solchen Aufwind in grosse Höhen schrauben. Zuoberst angelangt, verlassen sie den Thermikschlauch und gleiten langsam nach unten.
Für grosse Vögel ist es sehr nützlich, in Gruppen zu ziehen. Findet ein Storch einen Aufwind, schliessen sich die anderen Vögel ihm an. Störche kommen deshalb in Gruppen viel schneller voran als alleine.
Bei guten Thermikbedingungen können Störche bis zu 500 km pro Tag zurücklegen. Während ihrer rund vierwöchigen Reise legen sie 2'000 bis 10'500 km zurück. Jungvögel ziehen oft ein bis zwei Wochen vor ihren Eltern. Der Rückzug im Frühling nimmt meist mehr Zeit in Anspruch, da die Wetterlage oft unbeständig ist. Der Weissstorch erreicht sein Brutgebiet zwischen Februar und April.