През европейската зима белите щъркели отлитат на юг, където могат да си намерят храна. Някои щъркели от Северна Европа прекарват зимата в Южна Испания, където зимата не е така снежна и студена, но повечето отиват в централна и източна Африка, като често прелитат по 12000 км.
Щъркелите летят само през деня. За да прелитат големи разстояния, използват реещ полет и топлите възходящи въздушни течения, наречени термали. Тези течения са невидими вълни от топъл въздух, който се издига от земята в следствие от нагряването й от слънчевите лъчи. Навлизайки в термалите, щъркелите се издигат високо от тласкащия ги нагоре топъл въздух. След като достигнат най-високата точка на термала, щъркелите го напускат, носейки се плавно и на дълги разстояния. Постепенно губят височина, докато достигнат до следващия термал.
По-лесно за щъркелите е да мигрират на големи ята. Когато една птица открие термал, останалите я следват и започват заедно да се реят. Колкото повече птици летят заедно,толкова по-лесно за тях е да намерят подходящ термал. Ето защо големите ята мигрират по-бързо от самостоятелно придвежващата се птица. През есента могат да се наблюдават ята от по 10000 мигриращи щъркели, а понякога и по-многобройни. Една от най-оживените части на източната прелетна магистрала (Виа Понтика) е районът на Бургас, където е природозащитния център на БДЗП Пода.
Ако имат добри условия за реене, белите щъркели могат да изминават по 500 км на ден. Общото разстояние, което изминават по време на миграция е от 2000 до 10500 км и го преминават за около четири седмици. През есента младите щъркели напускат гнездата, за да тръгнат на път 1-2 седмици по-рано от техните родители. През пролетта миграцията обратно към Европа отнема повече време. Птиците изминават по-къси разстояния дневно, тъй като времето през пролетта е по-лошо. Щъркелите летят към гнездовищата си в периода от януари до април. В България пристигат в началото на март.
